Szczepionki zawierają wiele substancji pomocniczych, które pomagają utrzymać ich stabilność, aktywność oraz bezpieczeństwo. Są wśród nich adiuwanty wzmacniające działanie szczepionki (np. wodorotlenek glinu, fosforan glinu), środki konserwujące chroniące szczepionkę przed zanieczyszczeniami drobnoustrojami (np. tiomersal), substancje stabilizujące (np. cukry, białka, aminokwasy). W szczepionkach znajdziemy również substancje występujące w ilościach śladowych, będące pozostałościami z procesu wytwarzania szczepionki (np. formaldehyd, białka jaja kurzego, białka drożdży, antybiotyki).